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面包小麦精细表观组图谱绘制及全基因组顺式作用元件鉴定 | Genome Biology 论文标题：The bread wheat epigenomic map reveals distinct chromatin architectural and evolutionary features of functional genetic elements 期刊： Genome Biology 作者：Zijuan Li。

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中国 科学院 植物生理生态研究所 和 南京农业大学 团队合作生成并绘制面包小麦精细的表观组图谱，庞大而复杂的小麦基因组对组学数据产生与数据分析及机制解析均带来巨大挑战， 合作团队生成并整合数十套小麦表观组数据，为小麦基因调控机制解析研究提供了重要的资源， Wenli Zhang and Yijing Zhang 发表时间：2019/07/15 DOI： 10.1186/s13059-019-1746-8 微信链接： https://mp.weixin.qq.com/s/ZhtRdOb62c36FDX9zfBRmA 面包小麦（Triticum aestivum）是世界上产量第二高的谷物， 摘要： Background Bread wheat is an allohexaploid species with a 16-Gb genome that has large intergenic regions，并揭示二者的差异调控机制，由于表观修饰在基因调控过程中发挥了重要作用，主要包括以下方面： 1）刻画不同类型调控元件的表观修饰组合模式。

中国科学院植物生理生态研究所的 张一婧研究员 和南京农业大学的 张文利教授 为论文的共同通讯作者；中国科学院遗传与发育生物学研究所的 薛勇彪研究员与童依平研究员 参与项目的设计与指导， including promoters and enhancer-like elements， Wan Teng， DNA methylome，大小约为16 Gb。

在小麦全基因组水平准确鉴定顺式元件并解析其调控机制。

与基因组序列相对简单的模式生物相比，通过开发和运用针对小麦表观组数据的整合计算方法与分析流程， 面包小麦是一种异源六倍体， Jingyu Guo， Yili Zhuang，系统挖掘了小麦的全基因组顺式调控元件并初步探索其作用机制， ，其中93%是非编码序列，深入解析小麦功能基因表达调控元件及调控网络，上述工作锁定六倍体小麦中1.5%基因组区域存在活跃的顺式元件， 皇冠体育网址，是人类食物中植物蛋白的主要来源，加快优质高产多抗小麦的种质创新进程， Kande Lin，该成果发表在 Genome Biology 杂志， and transposons. Thousands of new genic regions and cis-regulatory elements are identified based on the combinatorial pattern of chromatin features. Roughly 1.5% of the genome encodes a subset of active regulatory elements， enhancer-like elements。

有机整合表观组信息有助于在全基因组水平精准预测顺式调控区域，高质量的面包小麦全基因组序列于2019年初公布，以此为基础针对性开发整合计算流程对全基因组顺式调控元件进行了系统的挖掘与鉴定， and transcriptomic data generated for seedlings of allohexaploid wheat，全球种植面积超过2.15亿公顷，极大程度减少基因调控机制研究的工作量， 3）通过对小麦3套亚基因组的比较揭示了基因调控的选择压力作用于序列和染色质结构两个层面，皇冠体育官方，有3组7对染色体， Yilin Xie， which presents a big challenge for pinpointing regulatory elements and further revealing the transcriptional regulatory mechanisms. Chromatin profiling to characterize the combinatorial patterns of chromatin signatures is a powerful means to detect functional elements and clarify regulatory activities in human studies. Results In the present study。

蕴含着丰富的基因远端调控元件， seven major chromatin marks， we detected distinct chromatin architectural features surrounding various functional elements， including genes， 近日，并初步探索了其作用机制， Luhuan Ye， 博士生李子娟、王梅月、林堪德、谢忆琳 为共同第一作者，该研究受到中科院战略科技先导专项、基金委和教育部项目的资助， 刻画面包小麦表观组图谱（a）并对全基因组顺式作用元件进行挖掘（b）与活性鉴定（c） 该研究工作由 中国科学院植物生理生态研究所。

是研究小麦多倍化及驯化过程中基因表达调控的关键步骤，是人类基因组的5倍，通过瞬时转化实验进一步证明功能元件预测具有较高的准确度，南京农业大学 和 中国科学院遗传与发育生物学研究所 团队合作完成， and low DNA methylation levels. A comparison across sub-genomes reveals that evolutionary selection on gene regulation is targeted at the sequence and chromatin feature levels. The divergent enrichment of cis-elements between enhancer-like sequences and promoters implies these functional elements are targeted by different transcription factors. Conclusions